A lógica de funcionamento de um programa de afiliados é bem simples: o afiliado indica um visitante para o site do comerciante.

Se esse visitante realiza uma compra, é creditada uma comissão na conta do afiliado como pagamento pela indicação. 

Um software instalado junto ao carrinho de compras é responsável pelo rastreamento do afiliado que fez a indicação, pelo cálculo das comissões devidas e pela geração de relatórios, tanto para o comerciante quanto para o afiliado.

O rastreamento é baseado em "cookies" que são instalados na máquina do visitante assim que ele clica nos links de direcionamento para a loja virtual.